Anualmente, o Ministério da Educação (MEC) publica uma portaria que define os cursos que serão avaliados no ano em questão e a data de realização do Exame.

As inscrições são feitas pelos coordenadores dos cursos enquadrados de acordo com os critérios estabelecidos no Edital. Os estudantes concluintes habilitados devem preencher o Questionário do Estudante e realizar a prova nos prazos indicados.

A prova do ENADE é composta de 40 questões, sendo 10 questões de Formação Geral, comum aos cursos de todas as áreas, e 30 de formação específica da área, envolvendo situações-problema e estudos de casos. A prova de conhecimentos específicos tem 75% do peso na avaliação e a de componentes gerais tem 25% de peso.